蕨類(lèi)葉綠體基因組學(xué)研究再獲進(jìn)展
中科院武漢植物園高磊博士等人在王艇研究員指導下,發(fā)現蕨類(lèi)葉綠體基因組的進(jìn)化動(dòng)態(tài)遠比以往設想的更為復雜。研究結果已于4月13日發(fā)表在國際學(xué)術(shù)刊物BMC Plant Biology。
武漢植物園在前期的研究中測定了我國首個(gè)蕨類(lèi)植物葉綠體基因組全序列(BMC Evolutionary Biology, 2009, 9:130),并注意到位于蕨類(lèi)葉綠體基因組大單拷貝區的rpoB和psbZ間區(BZ區),其基因順序可歸為兩類(lèi):一是以觀(guān)音座蓮和松葉蕨為代表的祖先型,即座蓮型;一是以桫欏和鐵線(xiàn)蕨為代表的衍生型,稱(chēng)為鐵線(xiàn)蕨型。分析認為,從座蓮型到鐵線(xiàn)蕨型的轉變可能是借助兩條進(jìn)化途徑、依靠?jì)纱尾糠种丿B的倒位得以實(shí)現,但是對該結構性重組的具體進(jìn)化過(guò)程尚不了解。
為解決此問(wèn)題,武漢植物園高磊博士等人在王艇研究員指導下,以BZ區為對象,對涵蓋現存蕨類(lèi)所有11個(gè)目的植物進(jìn)行了測序和進(jìn)化基因組學(xué)分析,發(fā)現除樹(shù)蕨類(lèi)、水龍骨類(lèi)和異孢蕨類(lèi)組成的核心薄囊蕨以外,所有其他蕨類(lèi)均表現為座蓮型;而絕大多數核心薄囊蕨類(lèi)則擁有鐵線(xiàn)蕨型。出乎意料的是,樹(shù)蕨類(lèi)華東瘤足蕨(Plagiogyria japonica)的基因順序(瘤足蕨型)與前二者均不相同,有可能是在鐵線(xiàn)蕨型基礎上再發(fā)生一次小型回復倒位所致。在膜蕨類(lèi)的南海瓶蕨(Vandenboschia radicans)和木賊類(lèi)的問(wèn)荊(Equisetum arvense)及節節草(Equisetum ramosissimum)的trnY-trnE基因間區(YE-IGS)中觀(guān)察到有大量重復序列存在。南海瓶蕨的YE-IGS含17個(gè)高度相似、大小為27 bp的串聯(lián)重復;它們與相鄰的trnY-GUA基因的反密碼子區同源,并都能形成類(lèi)似的莖環(huán)結構。問(wèn)荊和節節草的YE-IGS極度擴張至5kb,擁有上百個(gè)可形成莖環(huán)二級結構的散布重復,其序列組成和結構也同鄰近trnY的反密碼子區高度同源。
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