2008年7月7日－10日，國家級自然保護區管理評估組受?chē)�家環(huán)境保護部的委派，先后來(lái)到九段沙濕地國家級自然保護區和崇明東灘鳥(niǎo)類(lèi)國家級自然保護區，就保護區的管理工作進(jìn)行評估。

　　本次評估工作是按照環(huán)境保護部、國土資源部、水利部、農業(yè)部、國家林業(yè)局、中國科學(xué)院、國家海洋局聯(lián)合下發(fā)的《關(guān)于開(kāi)展國家級自然保護區管理評估工作的通知》（環(huán)辦[2008]19號）的要求，采取實(shí)地考察、資料和文件查閱、聽(tīng)取自評估報告、與相關(guān)利益者座談、討論評議、評估打分、最終評定管理水平等級的評估方式進(jìn)行的。

　　7月7日，評估組聽(tīng)取了九段沙保護區管理署的工作匯報，實(shí)地檢查了九段沙濕地的現狀，并檢查了保護區成立以來(lái)的相關(guān)資料、文檔和文件；7月8日評估組與保護區周邊社區及本保護區工作人員進(jìn)行了座談；經(jīng)過(guò)評估，九段沙濕地國家級自然保護區的評估得分為87分，管理水平等級為“優(yōu)”。7月9日，評估組實(shí)地檢查了崇明東灘鳥(niǎo)類(lèi)國家級自然保護區管理處辦公樓、捕魚(yú)港管護站、白港管護站、團結沙管護站、北八滧管護站及北八滧環(huán)境教育中心等基礎設施，聽(tīng)取了保護區管理處的匯報，查閱了保護區管理處的檔案；7月10日，評估組與崇明水務(wù)局堤防站、上實(shí)公司、陳家鎮政府、崇明東灘濕地保護區派出所、邊防武警崇明東灘派出所及保護區管理處職工代表進(jìn)行了座談，經(jīng)過(guò)評估，崇明東灘鳥(niǎo)類(lèi)國家級自然保護區的評估得分為89分，管理水平等級為“優(yōu)”。

　　評估組認為，九段沙濕地國家級自然保護區和崇明東灘鳥(niǎo)類(lèi)國家級自然保護區的管理工作已得到了各級政府和有關(guān)部門(mén)的高度重視，上海市人民政府先后頒布和實(shí)施了《上海市崇明東灘鳥(niǎo)類(lèi)自然保護區管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護區管理辦法》，將保護區保護管理工作納入了依法管理的軌道；保護區管理機構基本健全，人員配置比較合理，運行經(jīng)費保障程度高；保護區管理工作規范，保護成效顯著(zhù)，已經(jīng)成為了具有自身特點(diǎn)的示范保護區。

　　同時(shí)，評估組也指出，上海市國家級自然保護區管理仍然存在以下問(wèn)題：

　　1、外來(lái)物種――互花米草對崇明東灘和九段沙濕地生態(tài)系統的健康及生物多樣性已造成威脅。

　　2、《上海市崇明東灘鳥(niǎo)類(lèi)自然保護區管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護區管理辦法》的部分規定已不適于保護區的現狀，給保護區的依法管理帶來(lái)了困難。

　　3、九段沙自然保護區管理署的機構設置不夠完善，給保護區有效開(kāi)展對外協(xié)調和交流帶來(lái)了很大的難度。

　　4、保護與開(kāi)發(fā)的矛盾依然存在。如人類(lèi)活動(dòng)對崇明東灘自然保護區周邊環(huán)境的壓力日益增大，對保護區的主要保護對象存在一定的影響。

　　5、保護區的基礎設施和能力建設方面尚有一定差距。比如崇明東灘保護區管理處的辦公用房目前還是租用其他單位的，這不利于保護區總體規劃實(shí)施及功能性設施建設。